De AFTA is een zelfstandig bestuursorgaan met een eigen Raad van Bestuur aan het hoofd. Het dagelijkse werk wordt uitgevoerd door het Bureau, dat onder leiding staat van een directeur. Binnen het Bureau werken onderzoekers (toezichthouders) aan het toezicht op concurrentie en consumentenbescherming. Daarnaast ondersteunt het team Bedrijfsvoering de organisatie op het gebied van financiën, HR, ICT en facilitaire zaken.